Здравствуйте! Продажа доли в квартире жене брата с использованием средств материнского капитала возможна, если это приводит к улучшению жилищных условий семьи Вашего брата (ст. 7, ч. 1 ст. 10 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ).
СФР, перед тем как удовлетворить заявление о распоряжении материнским капиталом, может проверить сделку на предмет ее фиктивности. Это делается для исключения обналичивания материнского капитала.

По поводу дарения доли муниципалитету добавлю, что дарение им доли не освобождает Вас от обязанности оплатить коммунальные платежи. Даже, если примут в дар, то это долгий бюрократический процесс и к Вам могут впоследствии предъявить регрессные требования по долгам.

Если с братом или его женой не удается договориться, то можно продать долю с одновременным погашением долгов за счет покупателя. Есть такие компании, занимающиеся выкупом проблемных долей. Много не получите, но задачи свои решите.